Kilpailulaki pakottaa muutokseen
Vuonna 1992 voimaan tullut kilpailulaki kielsi samalla tuotanto- tai jakeluportaalla toimivien yritysten välisen yhteistyön. Tästä oli Kilpailuviraston mukaan kyse SVL:n jaostojen toiminnassa. Uusi laki sisälsi kuitenkin poikkeuslupakäytännön, jota hyväksi käyttäen K-rauta-, Kesport-, Musta Pörssi-, Vaatehuone-, K-kenkä- ja Andiamo-ketjut saivat jatkaa yhteismarkkinointiaan. K-ryhmän ruokakaupalta Kilpailuvirasto sen sijaan kielsi yhteismarkkinoinnin vuonna 1993. Ratkaisuksi löytyi K-ryhmän ruokakaupan jakaminen eri ketjuihin. Myös kilpailutilanteen kiristyminen ruokakaupassa vaati K-ryhmän aloittavan ketjumaisen toiminnan.
Keskon pääjohtaja Eero Kinnunen ajoi ketjumaiseen toimintaan siirtymistä voimakkaasti ja tukea hän sai SVL:n puheenjohtaja Heikki Takamäeltä (1993–2002) ja toimitusjohtaja Matti Laamaselta(1993–1997). Ruokakaupan ketjujen rakennustyö aloitettiin vuonna 1994. Ne jaettiin ensin neljään ketjuun: K-lähikauppa, K-market, K-supermarket ja K-citymarket. Myöhemmin tulivat vielä Rimi- ja K-kauppaketjut. Syksyllä 1995 Kesko siirtyi ketjuorganisaatioon, jolloin jokaisella K-kauppaketjulla oli Keskossa yhteistyökumppanina valtakunnallinen ketjuyksikkö. Tällöin myös lakkautettiin aluekeskot sekä niiden neuvottelukunnat.
Liitto menee uusiksi
Keskon ketju-uudistus merkitsi myös sitä, että SVL:n oli muutettava organisaatiotaan. Liitto lakkautti piirit ja jaostot sekä perusti niiden tilalle eri tavara-alojen toimialayhdistykset (K-erikoiskauppiasyhdistys, K-maatalous- ja rautakauppiasyhdistys sekä K-päivittäistavarakauppiasyhdistys) ja valtakunnalliset ketjujohtokunnat, jotka saivat vastuulleen kaupalliset asiat. Uusi organisaatio otettiin käyttöön 1.1.1996. Tällöin myös Nuorkillan tarina jaostona päättyi. Sen toiminta siirrettiin toimialayhdistyksiin, joihin perustettiin oma K-Team-johtokunta. Lisäksi perustettiin vielä 14 K-Teamin aluetoimikuntaa. Niin ikään K-asiakasyhteysjaosto (entinen K-kaupan naiset -jaosto) lakkautettiin. Myös liiton nimi muutettiin K-kauppiasliitoksi. Vuonna 1996 liitto myi Keskolle SV-Tietopalvelu Oy:n ja vuotta myöhemmin Kauppiaitten Kustannus Oy:n.
K-ryhmässä perustettiin, ostettiin tai myytiin lukuisia ketjuja 1990-luvulla. Syyskuussa 1990 perustettiin Andiamo-kenkäkauppaketju. Elokuussa 1992 Kesko liittyi Intersport Corporationin osakkaaksi, minkä seurauksena lähes sata Kesport-kauppiasta laittoi Intersport teipit kauppojen ikkunaan. Vuonna 1996 Kesko osti Tukon, jolloin K-ryhmään uusiksi ketjuiksi tulivat Anttila-tavaratalo ja Rautia-rautakauppa. Vuonna 2000 Kesko myi Vaatehuone-ketjun, minkä seurauksena 1910-luvulla alkanut alan kauppiaiden toiminta K-kauppiasliitossa päättyi. Aina kun K-ryhmään ilmestyi uusi ketju, perustettiin liittoon sitä varten toimikunta tai ketjujohtokunta. Kun taas jokin ketju poistui K-ryhmästä, lakkautettiin kyseinen ketjujohtokunta.