Sota tekee tuhojaan
Kun toinen maailmansota alkoi syksyllä 1939, joutui moni kauppias rintamalle ja kaupanpito jäi muiden vastuulle. Sodan kuluessa tai viimeistään keväällä 1940 solmitun Moskovan rauhan seurauksena kaikkiaan yli tuhat kauppiasta menetti kauppansa. Sama toistui pienemmässä mittakaavassa syksyllä 1944. Lapin sota puolestaan tuhosi kymmenien lappilaisten kauppiaiden liikekiinteistöt. Kovimman kohtalon kokivat ne, jotka kaatuivat rintamalla. SVL järjesti lukuisia keräyksiä sodasta kärsineiden kauppiaiden ja näiden perheiden hyväksi sekä auttoi Karjalan kauppiaita jatkamaan ammattiaan uudella paikkakunnalla.
Sodan vuoksi myös Savo-Karjalan Tukkuliikkeen toiminta kävi mahdottomaksi, mistä seurasi se, että kauppiaiden neljä tukkuliikettä yhdistyivät lokakuussa 1940. Syntyi Kesko Oy, joka aloitti toimintansa 1.1.1941. SVL ja Kesko aloittivat heti läheisen yhteistyön, joka rajoittui ensin kansanhuoltoministeriön toteuttaman säännöstelyn toteuttamiseen. Keskolla ja liitolla oli selkeä työnjako: SVL vastasi tiedottamisesta ja Kesko huolehti tavaroiden hankkimisesta ja jakelusta. Sodan edetessä säännöstely sai koko ajan suuremman roolin SVL:n ja kauppiaiden toiminnassa.
SVL perusti vuoden 1942 alussa myös oman kirjanpitotoimiston palvelemaan kauppiaita kirjanpitoon liittyvissä asioissa. Seuraavana vuonna liitto perusti vielä kirjeopiston, joka tarjosi ”suoraan käytäntöön tähtääviä kursseja” kauppiaille ja liike-apulaisille. Sodan aikana liitossa tapahtui myös sukupolvenvaihdos, kun Kaarlo Kytömaa jäi eläkkeelle ja uudeksi asiamieheksi nimitettiin Reino Sierla (1942–1969).
Uudenlaista yhteistyötä
Sodan jälkeen säännöstelyä jatkettiin, sillä Suomi kärsi tavarapulasta ja inflaatiosta. Säännöstely hyödytti suuria, erityisesti osuustoiminnallisia keskusliikkeitä, jotka olivat säännöstelyä hallinnoivan kansanhuoltoministeriön suosiossa. Tämä ärsytti kauppiasjärjestöjä, jotka vuonna 1946 ryhtyivät neuvottelemaan yhteisen keskusjärjestön perustamisesta. SVL, FSK ja Yksityisyrittäjäin Liitto (YYL) halusivat tuoda yrittäjävetoisen vähittäiskaupan asioita paremmin esille valtakunnan tasolla. Pitkien neuvottelujen jälkeen syksyllä 1948 perustettiin Vähittäiskaupan Keskustoimikunta (VKT). Sen puheenjohtajaksi valittiin SVL:n uusi puheenjohtaja Lennart Koivujuuri (1949–1958). Vuonna 1950 VKT muuttui Vähittäiskaupan Keskusliitoksi (VKL), johon liittyi 13 vähittäiskaupan liittoa. Koska VKL otti alusta asti aktiivisesti kantaa kaupan alan asioihin, saattoi SVL siirtää ulkosuhteidensa hoidon lähes kokonaan sille.
Merkittävämpi asia SVL:n kannalta oli kuitenkin yhteistyön tiivistyminen Keskon kanssa. Sotien jälkeen luotiin yhtenäinen K-ryhmä, joka saattoi taistella markkinaosuuksista muiden keskusliikkeiden muodostamien ryhmittymien kanssa. Kiinteämpi yhteistyö SVL:n ja Keskon välillä alkoi siten, että Kesko sai edustuksen SVL:n hallituksessa. Pian myös liiton piirit laitettiin yhteneväisiksi Keskon konttoripiirien kanssa ja Keskon konttoripiireihin nimitettiin kauppiaista muodostetut neuvottelukunnat. Keväällä 1947 käyttöön otettiin uusi K-kilpi, joka ilmestyi kahden vuoden kuluessa yli 4 000 kauppiaan ikkunaan. K-kilven käyttöönottoon liittyivät myös ensimmäiset mainoskampanjat yhteisen K-tunnuksen alla. Pirkka-lehdestä tehtiin K-kilpiliikkeiden virallinen äänenkannattaja.